연세휴먼리버티센터(YCHL)는 소장, 부소장, 운영위원회, 자문위원회, 학술연구부 및 행정실로 구성된다.

■ 운영위원회는 연세휴먼리버티센터의 학술 및 정책연구, 국제협력 등 센터의 전반적인 운영을 협의하고 의결한다.
■ 자문위원회는 국제적인 북한인권 연구와 협력을 위해 국내외 북한인권 유관 기관, 학계 및 NGO의 전문가로 구성한다.
■ 학술연구부는 상임연구원, 객원연구원, 전문연구원, 연구원 및 행정직원으로 구성한다.